原料經預處理后，直接進入凍結系統。根據超低溫速凍機用途和凍結設備，可以采用包裝前凍結或包裝后凍結。凍結系統有非連續式(批量式)、半連續式和連續流水線式。
商業上所采用的凍結設備有：
①吹風式凍結器，主要采用流體化凍結器（盤式或帶式）和固定式吹風凍結器；
②金屬表面接觸式凍結器，主要采用水果超低溫速凍機；
③液體蒸發式凍結器，主要采用臥式液氮凍結器。凍結系統的選擇應從產品質量與經濟性考慮。超低溫速凍機凍結系統對制品質量的影響有凍結速度和干耗量。
采用包裝前凍結方法，大多選用流化床實現水果的單體速凍,所得產品是松散的。在-26～-30℃氣溫下,制品放置厚度為30～40mm時，對藍莓、木莓、草莓、櫻桃的凍結時間只需4～15min。液氮凍結法的凍結速度快，冰的結晶小,特別適用于組織軟嫩的漿果。生產時,水果被輸送帶傳入速凍隧道，經液氮噴淋，立即凍結。例如草莓從20℃降到-18℃的凍結時間只需2min,草莓的組織狀態變化很小,經90min的解凍后，汁液損失量比吹風的單體速凍產品要低50 %，但成本較高。
包裝后凍結的方法適用于：
①散裝凍結加糖的水果；
②凍結像木莓類的軟質水果和草莓類過熟的水果；
③加糖漿或加糖凍結的零售包裝。凍結系統多采用臥式鋁平板凍結器（若用強制循環，平板表面溫度為-4℃，包裝厚度25mm時,凍結時間約為30min）和固定式吹風凍結器（空氣溫度通常為-38～-40℃，風速4～7m/s）。
